Манастир Гргетег према предању псмпвап је Змај Огњени Вук и дао му је име по свом оцу Гргуру што је касније и записано на црквеној припрати: ”Вук деспот основатељ сеје св. Обитељи Гргетега љета 1471.” Први поуздани подаци, као и за остале фрушкогорске манастрие, потичу из турског периода и говоре да је манастир поседовао: њиве, баште, ливаде и винограде, те је плаћао годишње царској благајни до 400 акчи.
После пораза у бечком рату Турци су опљачкали и спалили манастир. Напуштен манастир су 1708. године обновили митрополити Исија Ђаковић и Вићентије Поповић. На месту старе камене цркве око 1770. године сазидана је нова барокна грађевина. Тада је направљен и звоник. Једна од драгоцености манастира била је стара икона Шиклошка Богородица, за коју се сматрало да је из 16. века, из времена српског деспота Стефана Штиљановића.
У цркви су забележена два иконостаса. Први зидани, који се налазио у цркви до обнове 1901. године, сликао је Јаков Орфелинм а други који се и данас налазио у цркви, дело је Уроша Предића. Архимандрит Иларион Руварац који је преузео управу над манастиром 1874. године ангажовао је Предића за осликавање које је трајало од 1900. до 1902. године.
Иларион Руварац је боравио у манастиру 31 годину. Током боравка истраживао је српску и црквену историју. Његовом заслугом извршена је велика обнова манастирског храма. Ту се интезивно бавио научним радом. Познат по свом непоколебљивом ставу у бројним полемикама често је западао у неприлике, али је и добијао бројна признања.
У Другом светском рату манастир је тешко страдао, срушен је и звоним и велики дао конака, који су обновљени у другом половини 20. века, Године 2000. постављена су у великом звонику четири звона изливена у Вороњежу у Русији.
Данас манастирски комплекс, на јужним обронцима Фрушке горе чине: Црква Св. Николаја, конаци са храмом Св. Серафима Саровског, Спасопреображењски скит и економске зграде. Духовник и настојатељ манастира је архимандрит Доситеј кога је епископ бачки Никанор адм. Епархије сремске 1979. године у насељу Самарјанке (4. маја) замонашио у овом манастиру.