Манастирска црква је посвећена празнику Богородичиних покрив (1/14. октобар). Комплекс се налази на јужном, средишњем делу Фрушке горе, у поточној долини окруженој багремовом шумом. Уз сам манастир је типично прњаворско насеље, данас село Мала Ремета. У оквиру комплекса манастира налазе се црква и једно крило конака, што их у просторном смислу знатно разликује од већине фрушкогорских манастира.
Поузданих података о времену оснивања манастира нема, али постоји једна занимљива легенда која овај манастир повезује са српским краљем Драгутином као оснивачем који је, према том предању, изградио манастир на развалинама старе цркве еремитско-павлинског самостана. Ова легенда би могла имати ослонац у пореклу назива, јер се поред имена Ремета овај манастир назива и Реметско и Реметица. Питање порекла топонима, као и питање припадности одређеној конфесији или редоследу промена, уколио је до тога уопште дошло, још увек је отворено.
Најраније писане податке о манастиру Мала Ремета бележе турски документи (хуџети и темесуци) из 1546. године. Следећи турски документи бележи је 1566-1567. Дилема у вези с помињањем тог манастира у каснијим турским дефтерима постоји заправо све до 1697, јер се тек тада манстир јасно раздваја од Шишатовца и Велике Ремете и то на основу дозволе српског патријарха Арсенија III који шаље пребегле монахе из манастира Раче на Дрини да овај манастир обнове као метох беочинског манастира.
Изградња данашње цркве започета је 1739. Цркву су више од две деценије градили мајстори Теодор Коста и Никола Крапић, Цинцари из грчког града Ланге, мајстори које срећемо и при градњи цркве бачког манастира Ковиља. Ктитор садашње малореметске, сасвим могуће треће по реду цркве био је Станко Милинковић из села Шуљам. Да ли је црква заиста подигнута на темељима претходних, тј. да ли је култно место очувано, одговориће тек археолошка истраживања.
Скромни спратни конак изграђен је 1758. године с јужне стране храма, на месту старог конака, ктиторством Јована Јовановића, оберлајтнанта Петроварадинске регименте. Изгледманастира у односу на стање из XVIII века није до данас битније мењан. Забележене су две обнове: прва (1879), када је мењан кровни покривач и друга (1909-1910), када је Коста Ванђеловић извео зидне слике на површинама унутрашњих зидова цркве. Мала Ремета је један од ретких манастира у Фрушкој гори коме за време другог рата није страдала црква. Исту судбину, на жалост, није имао манастирски конак који је спаљен 1942. Поратна обнова конака изведена је на основу истраживања, техничке документације и надзора Покрајинског завода за заштиту споменика културе у Новом Саду.